Jmol
Jmol é um software de computador para modelagem molecular de estruturas químicas em 3 dimensões . [2] Jmol retorna uma representação 3D de uma molécula que pode ser usada como ferramenta de ensino, [3] ou para pesquisa, por exemplo, em química e bioquímica . Ele é escrito na linguagem de programação Java , para que possa rodar nos sistemas operacionais Windows , macOS , Linux e Unix , se o Java estiver instalado. É um software gratuito e de código aberto lançado sob umGNU Lesser General Public License (LGPL) versão 2.0. Existe um aplicativo independente e um kit de desenvolvimento de software (SDK) que pode ser integrado a outros aplicativos Java, como Bioclipse e Taverna .
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 Renderização da estrutura tridimensional Jmol de estreptavidina | |
| Desenvolvedor (s) | Equipe de desenvolvimento Jmol |
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| lançamento inicial | 2001 |
| Versão estável | 14.6.4 (15 de outubro de 2016 ) [±] |
| Versão de visualização | 14.5.0 (12 de agosto de 2000 ) [±] |
| Repositório | sourceforge |
| Escrito em | Java |
| Sistema operacional | Plataforma cruzada |
| Plataforma | Sistemas com Java e navegadores da Web sem Java |
| Disponível em | 16 idiomas |
Lista de línguas Catalão, chinês, tcheco, dinamarquês, holandês, inglês, francês, alemão, húngaro, indonésio, italiano, coreano, português, espanhol, turco, ucraniano [1] | |
| Modelo | Modelagem molecular |
| Licença | LGPL 2.0 |
| Local na rede Internet | www .jmol .org |
Um recurso popular é um miniaplicativo que pode ser integrado a páginas da web para exibir moléculas de várias maneiras. Por exemplo, as moléculas podem ser exibidas como modelos ball-and-stick , modelos de preenchimento de espaço , diagramas de fita , etc. [4] Jmol suporta uma ampla gama de formatos de arquivos químicos , incluindo Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File ( cif), MDL Molfile (mol) e Chemical Markup Language (CML). Também existe uma versão somente para JavaScript ( HTML5 ), JSmol , que pode ser usada em computadores sem Java. [5]
O miniaplicativo Jmol, entre outras habilidades, oferece uma alternativa ao plug-in Chime , [3] que não está mais em desenvolvimento ativo. Embora Jmol tenha muitos recursos que faltam ao Chime, ele não pretende reproduzir todas as funções do Chime, mais notavelmente, o modo Esculpir . O Chime requer a instalação do plug-in e Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 no Microsoft Windows ou Netscape Communicator 4.8 no Mac OS 9 . Jmol requer instalação Java e opera em uma ampla variedade de plataformas. Por exemplo, Jmol é totalmente funcional no Mozilla Firefox , Internet Explorer , Opera , Google Chrome e Safari .
Capturas de tela
Estrutura cristalina de uma caixa H / ACA RNP de Pyrococcus furiosus .
Destacando duas pontes de sal no tetrâmero de hemoglobina (grupo hemo como varetas no canto inferior direito).
Fragmento do fator de transcrição TFIIIA formando três motivos em dedo de zinco consecutivos, ligados a um trecho de DNA.
Ribossomo Eubacterial 70S de Thermus thermophilus .
Veja também
- Kit de desenvolvimento de química (CDK)
- Comparação de software para modelagem de mecânica molecular
- Lista de pacotes de software gratuitos e de código aberto
- Lista de sistemas gráficos moleculares
- Gráficos moleculares
- Editor de moléculas
- Proteopedia
- PyMOL
- SANSÃO
- SORRISOS
Referências
- ^ Traduções Jmol
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (ed.), Guide to Graphics Software Tools , p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ a b Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue" , Biochemistry and Molecular Biology Education , 34 (4): 255–61, doi : 10.1002 / bmb.2006.494034042644 , PMID 21638687 , S2CID 36319720
- ^ Herráez, A (2007), Lulu (ed.), How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1 , p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
- ^ "JSmol" . Arquivado do original em 01/01/2018 . Retirado 2015-11-02 .
links externos
- Website oficial
- Wiki com listas de sites , wikis e moodles
- Willighagen, Egon; Howard, Miguel (junho de 2007). "Gráficos moleculares rápidos e programáveis em navegadores da Web sem Java3D" . Nature Precedings . doi : 10.1038 / npre.2007.50.1 .
- Extensão Jmol para MediaWiki