ChEMBL

ChEMBL
Contente
Descrição	Banco de dados biológico
Tipos de dados ; capturados	Moléculas com propriedades semelhantes a drogas e atividade biológica
Contato
Centro de Pesquisa	Laboratório Europeu de Biologia Molecular
Laboratório	Instituto Europeu de Bioinformática
Autores	Andrew Leach, Líder de Equipe 2016-Presente; John Overington, líder de equipe 2008-2015
Citação primária	PMID 21948594
Data de lançamento	2009
Acesso
Local na rede Internet	ChEMBL
URL de download	Transferências
URL do serviço da web	ChEMBL Webservices
Endpoint Sparql	Plataforma ChEMBL EBI-RDF
Diversos
Licença	Os dados ChEMBL estão disponíveis em uma licença Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported.
Controle de versão	ChEMBL_28

ChEMBL ou ChEMBLdb é um banco de dados químico com curadoria manual de moléculas bioativas com propriedades semelhantes a drogas. ^[1] É mantido pelo European Bioinformatics Institute (EBI), do European Molecular Biology Laboratory ( EMBL ), com sede no Wellcome Trust Genome Campus , Hinxton, Reino Unido.

O banco de dados, originalmente conhecido como StARlite, foi desenvolvido por uma empresa de biotecnologia chamada Inpharmatica Ltd., posteriormente adquirida pela Galapagos NV . Os dados foram adquiridos para o EMBL em 2008 com um prêmio da The Wellcome Trust , ^[2] resultando na criação do grupo de quimiogenômica ChEMBL no EMBL-EBI, liderado por John Overington. ^[3]^[4]

Âmbito e acesso [ editar ]

O banco de dados ChEMBL contém dados de bioatividade de compostos em relação a alvos de drogas. A bioatividade é relatada em Ki, Kd, IC50 e EC50. ^{[5] Os} dados podem ser filtrados e analisados para desenvolver bibliotecas de triagem de compostos para identificação de chumbo durante a descoberta de drogas. ^[6]

O ChEMBL versão 2 (ChEMBL_02) foi lançado em janeiro de 2010, incluindo 2,4 milhões de medições de bioensaios cobrindo 622.824 compostos, incluindo 24.000 produtos naturais. Isso foi obtido com a curadoria de mais de 34.000 publicações em doze periódicos de química medicinal . A cobertura do ChEMBL de dados de bioatividade disponíveis cresceu e se tornou "a mais abrangente já vista em um banco de dados público". ^[3] Em outubro de 2010, o ChEMBL versão 8 (ChEMBL_08) foi lançado, com mais de 2,97 milhões de medições de bioensaios cobrindo 636.269 compostos. ^[7]

ChEMBL_10 viu a adição dos ensaios de confirmação PubChem , a fim de integrar dados que são comparáveis ao tipo e classe de dados contidos no ChEMBL. ^[8]

O ChEMBLdb pode ser acessado por meio de uma interface da web ou baixado pelo protocolo de transferência de arquivos . Ele é formatado de forma acessível para mineração de dados computadorizada e tenta padronizar as atividades entre as diferentes publicações, para permitir uma análise comparativa. ^{[1] O} ChEMBL também está integrado a outros recursos de química de grande escala, incluindo PubChem e o sistema ChemSpider da Royal Society of Chemistry .

Recursos associados [ editar ]

Além do banco de dados, o grupo ChEMBL desenvolveu ferramentas e recursos para mineração de dados. ^[9] Estes incluem Kinase SARfari, uma bancada de trabalho quimiogenômica integrada focada em quinases . O sistema incorpora e liga sequência, estrutura, compostos e dados de triagem .

GPCR SARfari é uma bancada de trabalho semelhante focada em GPCRs , e ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) é um repositório para triagem primária de acesso aberto e dados de química medicinal direcionados a doenças tropicais endêmicas das regiões em desenvolvimento da África, Ásia e Américas. O objetivo principal do ChEMBL-NTD é fornecer um arquivo permanente e de acesso livre e um centro de distribuição para os dados depositados. ^[3]

Em julho de 2012, foi lançado um novo serviço de dados sobre malária , patrocinado pelo Medicines for Malaria Venture ( MMV ), voltado para pesquisadores de todo o mundo. Os dados neste serviço incluem compostos do conjunto de triagem Malaria Box, bem como os outros dados de malária doados encontrados no ChEMBL-NTD.

myChEMBL , a máquina virtual ChEMBL, foi lançada em outubro de 2013 para permitir que os usuários acessem uma infraestrutura de quimio-informática completa, gratuita e fácil de instalar.

Em dezembro de 2013, as operações do banco de dados de informática de patentes SureChem foram transferidas para o EMBL-EBI. Em uma mala, SureChem foi renomeado SureChEMBL.

2014 viu a introdução do novo recurso ADME SARfari - uma ferramenta para prever e comparar alvos ADME entre espécies. ^[10]

Veja também [ editar ]

ChEMBL: Tour rápido no trem EBI OnLine
ChEBI
DrugBank

Referências [ editar ]

^ a b Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: um banco de dados de bioatividade em grande escala para a descoberta de drogas" . Nucleic Acids Research . 40 (problema de banco de dados): D1100-7. doi : 10.1093 / nar / gkr777 . PMC 3245175 . PMID 21948594 .
^ "Banco de dados de descoberta de drogas de acesso aberto é lançado com meio milhão de compostos | Wellcome" . wellcome.ac.uk . 18 de janeiro de 2010 . Retirado em 31 de agosto de 2019 .
^ a b c Dobrador, A (2010). "Bancos de dados: bioatividades compostas vão ao público". Nature Chemical Biology . 6 (5): 309. doi : 10.1038 / nchembio.354 .
^ Overington J (abril de 2009). "ChEMBL. Uma entrevista com John Overington, líder da equipe de quimiogenômica no European Bioinformatics Institute Outstation do European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Entrevista por Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Bibcode : 2009JCAMD..23..195W . doi : 10.1007 / s10822-009-9260-9 . PMID 19194660 . S2CID 2946417 .
^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24 de outubro de 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library" . J. Chem. Inf. Modelo. 51 (10): 2449–2454. doi : 10.1021 / ci200260t . PMC 3200031 . PMID 21978256 .
^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (março de 2008). "Lições aprendidas com a montagem de bibliotecas de triagem para a descoberta de medicamentos para doenças negligenciadas" . ChemMedChem . 3 (3): 435–44. doi : 10.1002 / cmdc.200700139 . PMC 2628535 . PMID 18064617 .
^ ChEMBL-og (15 Novembro 2010), ChEMBL_08 Lançado , recuperado 2010-11-15
^ ChEMBL-og (6 de Junho de 2011), ChEMBL_10 Lançado , recuperado 2011-06-09
^ Bellis, LJ; et al. (2011). "Compilação e extração de dados de dados de bioatividade da literatura para a descoberta de drogas". Biochemical Society Transactions . 39 (5): 1365–1370. doi : 10.1042 / BST0391365 . PMID 21936816 .
^ Davies, M; et al. (2015). "ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems" . Bioinformática . 31 (10): 1695–1697. doi : 10.1093 / bioinformática / btv010 . PMC 4426839 . PMID 25964657 . Retirado 2015-01-08 .

Ligações externas [ editar ]

ChEMBLdb
Kinase SARfari
Arquivo de doenças tropicais negligenciadas por ChEMBL
GPCR SARfari
O blog ChEMBL-og Open de dados e descoberta de medicamentos administrado pela equipe ChEMBL.

[Gaulton-1] Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: um banco de dados de bioatividade em grande escala para a descoberta de drogas" . Nucleic Acids Research . 40 (problema de banco de dados): D1100-7. doi : 10.1093 / nar / gkr777 . PMC 3245175 . PMID 21948594 .

[2] "Banco de dados de descoberta de drogas de acesso aberto é lançado com meio milhão de compostos | Wellcome" . wellcome.ac.uk . 18 de janeiro de 2010 . Retirado em 31 de agosto de 2019 .

[Bender-3] Dobrador, A (2010). "Bancos de dados: bioatividades compostas vão ao público". Nature Chemical Biology . 6 (5): 309. doi : 10.1038 / nchembio.354 .

[pmid19194660-4] Overington J (abril de 2009). "ChEMBL. Uma entrevista com John Overington, líder da equipe de quimiogenômica no European Bioinformatics Institute Outstation do European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Entrevista por Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Bibcode : 2009JCAMD..23..195W . doi : 10.1007 / s10822-009-9260-9 . PMID 19194660 . S2CID 2946417 .

[5] Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24 de outubro de 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library" . J. Chem. Inf. Modelo. 51 (10): 2449–2454. doi : 10.1021 / ci200260t . PMC 3200031 . PMID 21978256 .

[6] Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (março de 2008). "Lições aprendidas com a montagem de bibliotecas de triagem para a descoberta de medicamentos para doenças negligenciadas" . ChemMedChem . 3 (3): 435–44. doi : 10.1002 / cmdc.200700139 . PMC 2628535 . PMID 18064617 .

[7] ChEMBL-og (15 Novembro 2010), ChEMBL_08 Lançado , recuperado 2010-11-15

[8] ChEMBL-og (6 de Junho de 2011), ChEMBL_10 Lançado , recuperado 2011-06-09

[Bellis-9] Bellis, LJ; et al. (2011). "Compilação e extração de dados de dados de bioatividade da literatura para a descoberta de drogas". Biochemical Society Transactions . 39 (5): 1365–1370. doi : 10.1042 / BST0391365 . PMID 21936816 .

[Davies-10] Davies, M; et al. (2015). "ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems" . Bioinformática . 31 (10): 1695–1697. doi : 10.1093 / bioinformática / btv010 . PMC 4426839 . PMID 25964657 . Retirado 2015-01-08 .

[1]