ChEBI
Chemical Entities of Biological Interest , também conhecido como ChEBI , [1] [2] é uma base de dados química e ontologia de entidades moleculares focada em 'pequenos' compostos químicos, que faz parte do esforço Open Biomedical Ontologies (OBO) da European Bioinformtics Instituto (EBI). O termo "entidade molecular" refere-se a qualquer " átomo , molécula , íon , par iônico , radical , íon radical , complexo , conformador constitucional ou isotopicamente distinto, etc., identificável como uma entidade separadamente distinguível ". [3] As entidades moleculares em questão são produtos da natureza ou produtos sintéticos que têm bioatividade potencial. Moléculas diretamente codificadas pelo genoma, como ácidos nucleicos , proteínas e peptídeos derivados de as proteínas por clivagem proteolítica não são, regra geral, incluídas no ChEBI.
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|---|---|
| Contente | |
| Descrição | Banco de dados químico |
| Tipos de dados capturados | Pequenos compostos químicos |
| Contato | |
| Centro de Pesquisa | Laboratório Europeu de Biologia Molecular  |
| Laboratório | Instituto Europeu de Bioinformática  |
| Citação primária | de Matos et al [1] |
| Acesso | |
| Local na rede Internet | www |
| URL de download | ftp .ebi .ac .uk / pub / databases / chebi |
| URL do serviço da web | www .ebi .ac .uk / chebi / webServices .do |
| Endpoint Sparql | BIO2RDF |
| Ferramentas | |
| Rede | www .ebi .ac .uk / chebi |
| Diversos | |
Frequência de liberação de dados | por mês |
| Política de curadoria | Com curadoria manual |
ChEBI usa nomenclatura , simbolismo e terminologia endossados pela União Internacional de Química Pura e Aplicada (IUPAC) e comitê de nomenclatura da União Internacional de Bioquímica e Biologia Molecular (NC-IUBMB).
Escopo e acesso
Todos os dados do banco de dados não são proprietários ou são derivados de uma fonte não proprietária. É, portanto, acessível gratuitamente e disponível para qualquer pessoa. Além disso, cada item de dados é totalmente rastreável e explicitamente referenciado à fonte original. Ela está relacionada no âmbito outras bases de dados, tais como ChEMBL , ChemSpider , drugbank , MetaboLights e PubChem .
Os dados ChEBI estão disponíveis por meio de um aplicativo da web público , serviços da web , terminal SPARQL e downloads. [1] [2]
Referências
- ^ a b c de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri mim, Turner S, Steinbeck C (2010). "Entidades Químicas de Interesse Biológico: uma atualização" . Nucleic Acids Research . 38 (problema de banco de dados): D249-54. doi : 10.1093 / nar / gkp886 . PMC 2808869 . PMID 19854951 .
- ^ a b Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). "ChEBI: um banco de dados e ontologia para entidades químicas de interesse biológico" . Nucleic Acids Research . 36 (problema de banco de dados): D344-50. doi : 10.1093 / nar / gkm791 . PMC 2238832 . PMID 17932057 .
- ^ IUPAC , Compendium of Chemical Terminology , 2o ed. (o "Livro do Ouro") (1997). Versão corrigida online: (2006–) " entidade molecular ". doi : 10.1351 / goldbook.M03986